على الصعيد الفكري
قدم نموذج الإسلام المتكامل: الذي ببني الإنسان فكرياً، ويؤهله تربوياً، ويحرضه على القتال من أجل وطنه ومقدساته، ويحثه على الوحدة مع باقي مكونات الأمة دون قيود مذهبية أو عرقية أو قومية.
قدم رؤية متقدمة حول طبيعة المشروع الصهيوني: فهو ليس مشروعاً وطنياً يوفر وطن لطائفة فقط، وليس مشروعاً قومياً يتعلق بإرث الآباء والأجداد، وإنما هو مشروع إحلالي كولونيالي إلغائي يمثل رأس حربة المشروع الغربي في المنطقة (بما يحمله من أبعاد دينية واقتصادية وحضارية وعسكرية)، وهو ما يتطلب اختيار النقيض الصحيح والمناهض لهذا المشروع، وهذا لا يكون إلا بمشروع مقاومة مركزه فلسطين التي تستقطب كل مكونات الأمة وتحشد طاقاتها وتصطف معها في مشروع متكامل بما يحمله من أبعاد دينية واقتصادية وحضارية وعسكرية.
قدم قراءة مستبصرة حول مشروع التسوية: عطفاً على ما سبق وانطلاقاً من فهم طبيعة المشروع الصهيوني، رأى من بدايات مشروع التسوية أنه ولد ميتاً، ولن يعيد حقاً أو يبني وطناً، كما رأى بأنه سيمنح شرعية للاحتلال وهو ما سيشجع لاعتراف مكونات أخرى من الأمة بالكيان الصهيوني، كما توقع منذ البدايات أن يصبح لسلطة أوسلو دوراً وظيفياً مساعد للاحتلال في قمع الانتفاضة وملاحقة المجاهدين وهو ما حدث فعلاً.
على الصعيد الإداري
قدم نموذج القيادة المضحية وهو نوع جديد داخل الحركة الاسلامية التقليدية، وقد كان لكلماته بالغ الدلالة للإشارة إلى هذا النوع من القيادة عندما كان يقول: لقد عشت أكثر مما أتوقع، وقوله: لا تصدقوني إلا إذا رأيتموني شهيداً. تعتبر القيادة الأكثر أهمية من بين وظائف الإدارة الأخرى، وبالتالي فإن قيادة المشروع الوطني ومشروع المقاومة والمشروع المناهض للمشروع الصهيوني تتطلب نموذج قيادي مضحي يؤثر الميدان وتلتف حوله الجماهير ويتفاعل معهم ويتفاعلوا معه عاطفياً ووظيفياً.
قدم التخطيط المحكم الثابت للمشروع المقاوم: يُعرف المختصون في الإدارة التخطيط بأنه عملية تحديد الأهداف والسعي لتحقيقها بأقل جهد وأقل وقت. والشقاقي حدد الأهداف الثابتة والواقعية لمشروع الوطني وعلى رأسها الهدف الأساسي وهو تحرير كامل تراب فلسطين التاريخية، واختار البرنامج المناسب (الاسلام .. الجهاد .. فلسطين) برنامج يحدد النشاط والمكان وأرضية الانطلاق، وفي ظل الفهم الشامل لطبيعة المشروع الصهيوني فقد ثبت مع الوقت أن هذا الهدف مع صعوبته إلا أنه الأكثر واقعية والأكثر توفيراً لوقت وجهد المحاولة ببرامج أخرى ثبت فشلها جميعاً وإضاعتنا للوقت والجهد فيها.